U okviru glavnog festivalskog programa sedamnaest filmova mladih režisera iz Bugarske, Kine, Hrvatske, Mađarske, Islanda, Irana, Meksika, Palestine, Rusije, Srbije i Španije nadmetaće se za Zlatno, Srebrno i Bronzano jaje. Međunarodni žiri koji će odlučiti o nagradama čine Mažida Abdi, filmska producentkinja i autor dokumentarnih filmova iz Etiopije, Divna Vuksanović, srpska književnica, filozof i teoretičar medija i Flaminjo Zadra, fimski producent iz Rima. Nagradu za najbolju fotografiju Vilko Filač ove godine će dodeliti Dijan Baratje, direktorka fotografije iz Francuske i švedski direktor fotografije mađarskog porekla Ištvan Borbaš. Kao i prethodnih godina, selektorka takmičarskog programa je Dunja Kusturica.

U okviru programa Savremene tendencije biće prikazani neki od najboljih filmova prošlogodišnje produkcije i predstavljeni njihovi autori i producenti – gosti festivala, koji će nakon projekcija svojih filmova održati radionice. U šest festivalskih dana biće prikazani filmovi: „Čitaj mi sa usana“ Žaka Odijara (dobitnik „Zlatne palme“), „Blago“ Kornelija Porumboja (dobitnik nagrade „Izvestan talenat“), „Priča nad pričama“ Matea Garonea, „Blanka“ Kokija Haseija (pobednik Venecijanskog filmskog festivala i dobitnika prvog Zlatnog jajeta Kustendorfa), „Mladost“ Paola Sorentina, dobitnik nagrade Evropske filmske akademije za najbolji evropski film koji će predstaviti producent Nikola Đulijano i „Klan“ Pabla Trapera, za koji je režiser dobio venecijanskog Srebrnog lava, nagradu za najbolju režiju a koji će predstaviti producent Matijas Mosteirin.

U okviru festivala predviđen je posebna programska celina, dekolonizacija filma sa filmovima koji dovode u pitanje dominantne narative o odnosu izrabljivača i izrabljivanih u neokolonijalnom kontekstu, kao i one o klasnim odnosima unutar zapadnih društava.
U okviru ovog programa biće prikazani dokumentarni filmovi: „O nasilju“ Jorana Huga Olsona, „Kapetan Tomas Sankara“ Kristofa Kupelina i „Nemačka mladost“ Žana Gabrijela Perioa, kao i igrani film Đije Žangkea „Planine mogu da odu“, koji iz autorske vizure govori o problemima kojima je posvećen ovaj program.

U okviru retrospektive velikana, poseban segment biće posvećen nemačkom producentu Karlu Baumgartneru u okviru koga će maestro Emir Kusturica predstaviti svoj rad sa ovim istaknutim filmskim producentom kao i održati predavanje o čehoslovačkom reditelju Františeku Vlačilu.

Za sve goste i učesnike predviđen je bogat večernji muzički program. Za odlično raspoloženje pobrinuće se srpski rok sastavi "Partibrejkersi" i "Kolja i Grobovlasnici", moldavski trubač Adam Stinga i jermenska rege grupa "Reinkarnejšn".

Međunarodni filmski i muzički festival Kustendorf 2016 će ugostiti proslavljene autore, glumce i muzičare te brojne mlade filmske autore i studente filmskih škola iz celog sveta, kao i druge eminentne goste iz sveta filma.